A tortura e os maus-tratos prevalecem na região, comuns tanto na detenção, transferência, privação de liberdade nos centros penais e esquadras, como na procura da reintegração de ex-prisioneiros. Entre 2017-18, a PDDH registou em ES, 257 queixas de maus tratos e 36 de uso desproporcionado da força. Entre as instituições denunciadas encontram-se: o PNC, O ministério da Defesa e Centros penais (CP). A SSPAS (2017) registou casos de tortura e maus-tratos, identificando como práticas comuns por agentes policiais: pontapés, golpes na cara, tiros perto do corpo e perda de consciência devido a golpes. Segundo a FGR (2017-2018) 196 agentes da polícia foram acusados pelo crime de ferimento e 17 pela tortura. Devido à perda de confiança nas autoridades e ao medo de represálias, os números não representam a magnitude da situação. Os instrumentos de controlo interno e a legislação nacional, que define a tortura como um crime contra a humanidade, não são respeitados. Do mesmo modo, os mecanismos do direito internacional continuam por ratificar, tais como o Protocolo à Convenção contra a Tortura. Ao contrário de ES, as HN ratificaram o Protocolo Facultativo, e submeteram-se a múltiplos mecanismos internacionais de monitorização dos direitos humanos. Em Junho de 2018, uma delegação internacional (iniciativa OMCT), recebeu múltiplos relatórios indicando que a tortura é uma realidade nas HN que afeta particularmente os grupos vulneráveis. A missão solicitou estatísticas ao Estado, sem obter resposta. Após vários episódios de violência nos últimos meses de 2019, o Estado declarou o estado de emergência no sistema penitenciário, substituindo o Instituto Penitenciário Nacional (IP), pelas Forças Armadas. O Relator Especial declarou que a incorporação dos militares expôs novas violações dos direitos humanos.

Este projeto tem como objetivo geral contribuir para a proibição e prevenção da tortura, maus-tratos e outras violações dos direitos humanos contra as populações mais vulneráveis e em risco nas Honduras e El Salvador. Tem ainda como objetivo específico reforçar os níveis de governação entre a sociedade civil e o Estado de El Salvador e Honduras na conceção, implementação, monitorização e responsabilização das políticas públicas relacionadas com a prevenção e proibição da tortura e maus-tratos, e a restituição dos direitos das mulheres, jovens e população LGBTI privada de liberdade, sobreviventes ou potenciais vítimas.